Penyusunan laporan keuangan pada Kementeria PPN/Bappenas diawali pencatatan data transaksi yang direkonsiliasi secara internal antar sistem, lalu dilakukan rekonsiliasi eksternal dengan KPPN untuk memastikan akurasi. Setelah itu, laporan keuangan disusun secara bertingkat mulai dari UAKPA, UAPPA-W, UAPPA-E1, hingga konsolidasi di tingkat UAPA, meliputi laporan realisasi anggaran, neraca, laporan operasional, laporan arus kas, dan catatan atas laporan keuangan. Laporan keuangan tersebut kemudian direviu oleh APIP untuk memastikan kepatuhan terhadap standar akuntansi dan ketentuan yang berlaku, sebelum disampaikan kepada Kementerian Keuangan dan diaudit oleh BPK.