Audit kearsipan yang dilakukan di lingkungan Kementerian PPN/Bappenas merupakan audit tidak berjenjang, dengan sasaran objek Pengawasan yang diaudit sebanyak 52 (lima puluh dua) unit kerja eselon II. Audit kearsipan internal menilai 2 aspek yaitu Pengelolaan Arsip Dinamis dan Sumber Daya Kearsipan. Aspek Pengelolaan Arsip Dinamis meliputi penciptaan arsip, penggunaan arsip, pemeliharaan arsip dan penyusutan arsip; dan Aspek Sumber Daya Kearsipan meliputi sumber daya manusia kearsipan, dan prasarana dan sarana. Rangkaian proses audit kearsipan meliputi : 1). Persiapan audit, 2) Verifikasi  lapangan dan wawancara; 3. Penyusunan laporan. Nilai pengawasan kearsipan internal menyokong bobot 40% dari total nilai pengawasan secara keseluruhan. sedangkan pengawasan kearsipan eksternal mendukung 60% nilai. Nilai hasil pengawasan kearsipan menjadi acuan dalam menentukan indeks kinerja peyelenggaraan kearsipan pada objek pengawasan, dan merupakan penyokong nilai antara pada indeks Reformasi Birokrasi lembaga.